Ochronę gatunkową określa ustawa z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody (Dz. U. z 2013 r., poz. 627 z późn. zm.) oraz rozporządzenia określające chronione gatunki roślin i grzybów oraz sposoby ich ochrony i zasady pozyskiwania (Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej grzybów; Dz.U. z 2014 r., poz. 1408; Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej roślin; Dz.U. z 2014 r., poz. 1409).
Wg stanu na 1 stycznia 2016 r. na terenie jednostki zanotowano następującą liczbę gatunków chronionych:
- grzyby – 12 gatunków (10 podlegających ochronie częściowej, 2 ochronie ścisłej) w tym dla gatunku granicznik płucnik ustanowiono 5 stref ochronnych o powierzchni 8,24 ha.
- rośliny – 75 gatunków (50 podlegających ochronie częściowej, 25 ochronie ścisłej);
- zwierzęta – 213 gatunków (51 podlegających ochronie częściowej, 162 ochronie ścisłej) w tym:
- bezkręgowce – 20 gatunków (np. krasopani hera, pusznik jodłowy, zgniotek cynobrowy, nadobnica, alpejska),
- ryby – 5 gatunków (np. głowacz pręgopłetwy);
- płazy - 11 gatunków (np. traszka grzebieniasta, salamandra plamista, rzekotka drzewna)
- gady – 7 gatunków (np. wąż eskulapa, gniewosz plamisty, żmija zygzakowata)
- ptaki – 136 gatunków (np. żuraw, dzięcioł białogrzbiety, dzięcioł czarny, bocian czarny, dudek, derkacz, pluszcz, puszczyk uralski, sóweczka)
- Na terenie nadleśnictwa wyznaczono strefy ochrony miejsc rozrodu i regularnego przebywania dla orlika krzykliwego (4) oraz bociana czarnego (1). Łącznie strefy zajmują 115,14 ha. Ogółem na terenie jednostki odnotowano 136 gatunków ptaków, w tym 132 podlegające ochronie ścisłej, 4 częściowej.
- Ssaki – 34 gatunki
- nietoperze – 9 gatunków (np. podkowiec mały)
- owadożerne – 8 gatunków (np. ryjówka aksamitna)
- gryzonie – 8 gatunków (np. popielica, bóbr europejski)
- drapieżne – 7 gatunków (np. wilk, ryś, żbik, niedźwiedź)
- parzystokopytne - 1 gatunek – żubr – na terenie nadleśnictwa wyznaczono ostoję tego gatunku na powierzchni 806,41 ha.
- Według danych na dzień 06.03.2020 na terenie jednostki zaobserwowano:
- Niedźwiedź - 40-51 osobników
- Wilk – 63-75 osobników
- Ryś – 20-30 osobników
- Żubr – 283 osobniki, natomiast w całych Bieszczadach 668 osobników.
- W Polsce bytuje 2269 żubrów (2048 osobników w stadach wolnych oraz 221 w hodowlach zamkniętych).
Realizowane projekty przyrodnicze na terenie Nadl. Baligród:
- Budowa i Modernizacja Małej Infrastruktury Służącej zabezpieczeniu obszarów Natura 2000 - Bieszczady” – 2013-2015 Projekt realizowany w ramach programu operacyjnego „Infrastruktura i Środowisko" Priorytet: V: Ochrona przyrody i kształtowanie postaw ekologicznych.
- „Ochrona ostoi karpackiej fauny puszczańskiej – korytarze migracyjne" (KIK/53) współfinansowany przez Szwajcarię w ramach szwajcarskiego programu współpracy z nowymi krajami członkowskimi Unii Europejskiej.
- „Kompleksowy projekt adaptacji lasów i leśnictwa do zmian klimatu – mała retencja oraz przeciwdziałanie erozji wodnej na terenach górskich" Przedsięwzięcie realizowane w ramach II osi priorytetowej Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko (działanie 2.1 Adaptacja do zmian klimatu wraz z zabezpieczeniem i zwiększeniem odporności na klęski żywiołowe, w szczególności katastrofy naturalne oraz monitoring środowiska). Okres realizacji: 2016-2022 r. (w trakcie)
- „Kontynuacja ochrony in situ żubra w Polsce – część południowa” – projekt prowadzony w ramach działania 5.1 priorytetu V. Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko 2007-2013. https://baligrod.krosno.lasy.gov.pl/ochrona-zubra-in-situ-czesc-poludniowa#.XtoF7aaZSUk
- „Kompleksowa ochrona żubra przez Lasy Państwowe” finansowany w całości ze środków Funduszu Leśnego LP https://wisent.org/o-projekcie/ Działania podejmowane w ramach projektu rozplanowano na lata 2017-2020 w trakcie
- „BocianiMy w Lasach. Dobre praktyki ochrony i zarządzania populacją bociana czarnego Ciconia nigra na terenach leśnych” o nr: POIS.02.04.00-00-0154/16, współfinansowanego przez Unię Europejską ze środków Funduszu Spójności w ramach konkursu nr 2.4.1/1/2016 Działania o charakterze dobrych praktyk związane z ochroną zagrożonych gatunków i siedlisk przyrodniczych. http://bocianimy.pl/ zakończono na terenie nadleśnictwa.
- Od 2018 r. na terenie Nadleśnictwa Baligród trwają poszczególne etapyinwentaryzacji przyrodniczej prowadzonej na podstawie Decyzji Nr 77 DYREKTORA GENERALNEGO LASÓW PAŃSTWOWYCH z dnia 16 kwietnia 2018 r. w sprawie prowadzenia okresowej powszechnej inwentaryzacji gatunków roślin, zwierząt i innych organizmów oraz parametryzacji wybranych cech biotopów na terenie czwartego zgrupowania nadleśnictw ZP.I.720.2.4.2018.
Oprócz gatunków objętych ochroną należy podkreślić, że na terenie występują (i pojawiają się) gatunki obce w tym inwazyjne tj. jenot, niecierpek gruczołowaty, barszcz Sosnowskiego. Rokrocznie prowadzony jest monitoring oraz inwentaryzacja gatunków czy siedlisk. Informacje o nowych stanowiskach i obserwacjach są pomocne przy ww. monitoringu oraz podjęciu decyzji o likwidacji stanowiska (np. barszczu Sosnowskiego). Takie informacje należy kierować na adres baligrod@krosno.lasy.gov.pl. Pomocne będą w tej sytuacji informacje dotyczące lokalizacji (mBDL) oraz fotografie.
Należy podkreślić, że liczba gatunków oraz stanowisk nie jest stała i w trakcie obowiązującego Programu Ochrony Przyrody dla Nadleśnictwa Baligród (w skrócie POP) może ulec zmianie w wyniku prowadzonych prac inwentaryzacyjnych oraz obserwacji służby leśnej. Informacje takie są na bieżąco uzupełniane i aktualizowane.
Źródło danych: Program Ochrony Przyrody dla Nadl. Baligród na lata 2016-2025.